آيت‌الله خامنه‌اى از سال ۱۳۴۱ كه در قم حضور داشتند و از زمانی كه حركت انقلابى و اعتراض‌آميز امام خمينى عليه سياست‌هاى ضد اسلامى و آمريكاپسند محمدرضا شاه پهلوى آغاز شد، وارد ميدان مبارزات سياسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشيب‌هاى فراوان و شكنجه‌ها و تعبيدها و زندان‌ها مبارزه كردند و در اين مسير از هيچ خطرى نترسيدند.
http://farsi.khamenei.ir/ndata/news/5467/H/139103200011470253_5467.jpg
نخستين بار در محرم سال ۱۳۸۳ ﻫ.ق از سوى امام خمينى قدّس‌سرّه مأموريت يافتند كه پيام ايشان را به آيت‌الله‌العظمی ميلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه‌هاى تبليغاتى روحانيون در ماه محرم و افشاگرى عليه سياست‌هاى آمريكايى شاه و اوضاع ايران و حوادث قم برسانند. ايشان اين مأموريت را انجام دادند و خود نيز براى تبليغ، عازم شهر بيرجند شدند و در راستاى پيام امام خمينى، به تبليغ و افشاگرى عليه رژيم پهلوى و آمريكا پرداختند. به اين خاطر در ۹ محرم «۱۲ خرداد ۱۳۴۲»  دستگير و يك شب بازداشت شدند و فرداى آن با اين شرط آزاد شدند ‌كه منبر نروند و تحت نظر باشند. با پيش آمدن حادثه‌ی خونین ۱۵خرداد، باز هم ایشان را از بیرجند به مشهد آوردند، تحویل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آن‌جا با سخت‌ترین شرایط و شكنجه و آزارها زندانى شدند.